En Ultimate Marvel Universe, Mister Sinister demostró por qué Apocalypse sigue siendo el villano X-Men más peligroso de Marvel en cualquier edad.
A lo largo de su década, Marvel's Ultimate Universe reimaginó radicalmente los personajes y conceptos que definieron el universo Marvel principal para una generación. Mientras Los últimos reinventado a los Vengadores para un nuevo siglo y Ultimate Spider-Man creó un Peter Parker completamente moderno, Ultimate X-Men presentó una nueva versión de los mutantes de Marvel que los filtró a través de la lente del realismo y la modernidad reflejando el entonces reciente X Men películas.
Inicialmente, el equipo lidió con amenazas como Magneto, la Hermandad y los Centinelas, pero la serie pronto comenzó a presentar tomas originales de villanos más nuevos. El principal de ellos fue Apocalypse, cuya contraparte principal se había convertido en un accesorio de las epopeyas de X-Men. Sin embargo, el Universo Supremo presagió su venida y lo convirtió en un enemigo poderoso realmente aterrador que fue especialmente aterrador en un mundo donde cualquier cosa podría suceder.
Apocalipsis se estableció por primera vez en el arco "Tempestad" de Brian K. Vaughn y Brandon Peterson. Este arco volvió a imaginar a Nathaniel Essex como un asesino en serie que atacaba a mutantes. La locura mental que rodeaba a Sinister hizo que el apocalipsis enigmático fuera mucho más aterrador, ya que su poder estaba aparentemente vinculado a la muerte de estos mutantes. Además, no era exactamente seguro si el Apocalipsis mismo era real o simplemente una alucinación formada por la mente fracturada de Essex. Después de ser capturado por S.H.I.E.L.D., Sinister imagina a su señor oscuro una vez más. Al instruir al Essex fallido a suicidarse, Apocalypse aparece en su celda en una forma que se asemeja a una versión menos blindada de su contraparte convencional.
Otros desarrollos que involucraron al villano se plantaron con la llegada de Cable a Robert Kirkman y Ben Oliver's Ultimate X-Men # 75. El mutante que viaja en el tiempo llega al presente, con la intención de intentar matar al profesor Xavier. Desafortunadamente para los X-Men, aparentemente tiene éxito antes de regresar de donde vino. Mientras tanto, Sinister regresa de alguna manera después de su suicidio y comienza a matar Morlocks subterráneos para completar el ritual. Involucrando a los X-Men en una dura batalla, un Siniestro mortalmente herido finalmente logra su conteo de muertes mutantes deseado. Volando hacia el sol de Nueva York, Sinister finalmente se transforma en Apocalipsis.
En Ultimate Universe, Apocalypse se parecía a una versión más voluminosa de su ser Marvel Universe, aunque con una armadura roja que reemplaza el esquema de color azul habitual. A pesar de ser un Siniestro transformado, Apocalypse es una entidad completamente separada, con poderes muy diferentes y más devastadores. Sus habilidades principales consistían en robar los poderes de otros mutantes y agregarlos a su propio arsenal, lo que lo hizo extremadamente poderoso cuando se enfrentó a los X-Men y los diversos mutantes de los Morlocks. Más que cumplir su amenaza aludida, Apocalypse hace un trabajo rápido de sus varios atacantes. PROTEGER. y los Cuatro Fantásticos incluso intentan derribarlo, con el resultado de ser un Apocalipsis más fuerte y aún más blindado.
Cable y Xavier regresaron de la futura armadura de Cable, que se parecía a Stryfe y Onslaught. Esto cambió el rumbo momentáneamente, con Xavier logrando entrar en la cabeza de Apocalipsis y poner fin a su manipulación de mutantes cercanos. Desafortunadamente, Apocalypse bloqueó la telepatía de Xavier y se preparó para matar al líder de los X-Men. Espoleado por la situación, Jean Gray fue superado por el personaje de Phoenix. El Ultimate Universe relativamente conectado a tierra jugó con la idea de que Phoenix, como en la película X-Men: La decisión final, era un aspecto misantrópico de la personalidad de Jean. Sin embargo, esto fue contradicho por las acciones y declaraciones de Phoenix frente a Apocalypse. Afirmando ser algo mucho más que mutante, superó incluso a Apocalipsis, dejando un Essex maltratado una vez que desató su verdadero poder.
Phoenix comentó que las afirmaciones de Apocalipsis de ser un antiguo mutante eran mentiras. Esto coincide con la eventual revelación de que los mutantes en el Universo Supremo fueron el resultado de la experimentación del siglo XX y no una evolución natural de la humanidad desde hace mucho tiempo. Dada su declaración de que él era la verdadera forma de Sinister, es posible que Apocalipsis sea, literalmente, solo una transformación de Essex. De cualquier manera, su inmenso poder lo convirtió en la mayor amenaza física para el equipo de Ultimate X-Men, y fue el último villano que enfrentarían juntos antes de los eventos catastróficos de Ultimatum. El enfrentamiento entre Phoenix y Apocalypse se hizo eco en X-Men: Apocalypse, mostrando aún más cómo esta versión del villano fue realmente el Apocalipsis definitivo.
